Wissenschaftlich belegt ist, dass Yoga etwa 2500 Jahre alt und eng verbunden mit der Samkhya Philosophie ist. Den Begriff Yoga finden wir erstmals in den vedischen Schriften. Dort wird er in der Bedeutung von Anschirren oder Joch verwendet. Erst am Ende des vedischen Zeitalters, ca. 800 – 500 v. Chr., stand Yoga für eine ganze Weltanschauung. Damals entstanden sechs Philosophieschulen in Indien. Eine davon war Yoga, eine weitere die Samkhya-Schule. Die frühen Schriften des Yoga sind von Samkhya stark beeinflusst. Beide vertraten eine dualistische Weltsicht. Das bedeutet, es zwei Prinzipien gibt, aus denen die Welt und auch der Mensch besteht. Das eine ist die Natur (Prakriti) und das andere das Bewusstsein (Purusha). Aber die Natur hindert den Menschen dabei, das reine Bewusstsein zu erkennen. Nur in der Meditation wird es klar sichtbar. Dann kommt der Mensch in Kontakt mit seiner Seele (Atman). Deshalb versuchten die Yogis ihre Natur in Form von körperlichen Triebkräfte zu überwinden. Sie lebten in strenger Askese und meditierten so viel sie konnten. Wenn sie erfolgreich in der langer Übung die letzte Stufe (Samadhi) erreichten, erkannten sie das kosmische Bewusstsein (Brahman).
Nach der Lehre des Samkhya gibt es viele verschiedene Seelen (Atman), die alle aus dem kosmischen Bewusstsein (Brahman) entstanden sind. Nach dem Tod kehren sie Brahman zurück. Sie ruhen dort, bis sie wiedergeboren werden. Die Wiedergeburt wird in dieser Weltanschauung als großes Leid verstanden. Sie ist ein Zeichen dafür, dass man es im Leben nicht geschafft hat, die körperlichen Triebkräfte zu überwinden. Dann hat man am Ende des Lebens viele schlechte Handlungen angesammelt (Karma). Diese „Schuld“ kann man im nächsten Leben abtragen. Wenn es kein Karma mehr gibt, hat man das ewige Rad der Wiedergeburten überwunden. Dann kehrt man endgültig ein in das kosmische Bewusstsein.
Die Lehre des Samkhya hat auch das Yoga-Sutra des Patanjali maßgeblich beeinflußt.